認定制度とは、労働者協同組合の事業の健全な発展を図り、持続可能で活力ある地域社会の実現に資するため、非営利性が徹底された労働者協同組合を行政庁が認定する制度です。認定を受けた労働者協同組合（特定労働者協同組合）は、公示されるとともに、税制上の措置が受けられます。

認定を受けるには、組合の定款に剰余金の配当を行わない旨の定めがあるなど一定の基準に適合する必要があります。また、認定を受けた組合には、そうでない組合と異なる決まりがあります。詳しくは、こちらを御覧ください。

法律では、認定を受けた場合の名称の変更について規定はありませんが一方で、特定労働者協同組合でない者は、その名称中に、特定労働者協同組合であると誤認されるおそれのある文字を使用することができない旨定められています。【法第94条の7】

労働者協同組合(法人税法上の「普通法人」)から特定労働者協同組合(法人税法上の「公益法人等」)へ移行する場合、また、特定労働者協同組合(法人税法上の「公益法人等」)から労働者協同組合(法人税法上の「普通法人」)へ移行する場合には、法人区分の変更時に事業年度が区分されることになります。事業年度の区分により確定申告等や決算書類承認のための総会が必要となるため、事業年度の途中での移行を検討している場合は、事前に税務署等の関係機関とも十分相談のうえ進めるようしてください。

特定労働者協同組合の認定申請は、労働者協同組合のみが行えます【法第92条の2】。そのため、労働者協同組合として新規設立、組織変更したうえで、特定労働者協同組合の認定申請を行ってください。